Existe sin embargo otra versión de porque el lugar fue nombrado así, la cual dice que en época revolucionaria, simpatizantes de dicho movimiento tomaron este lugar para descansar, dando origen así a su nombre.
Ambas versiones concuerdan con el significado del nombre y a falta de documentación acerca de la historia del sitio, en la actualidad se respetan ambas versiones relatadas de generación en generación.

 

El nombre de la comunidad, "La Estancia" se le atribuye o tiene origen desde tiempos prehispánicos  en la época del reinado de Atonaltzin; aunque en aquellos tiempos la comunidad no estuviera conformada como tal, ya se distinguía por ser un lugar de descanso para el Rey Atonaltzin, el cual gobernaba Coixtlahuaca y sus alrededores; su significado: ​Estancia = asiento en un lugar,  hace referencia a la palabra "descanso"; de ahí su nombre: "La Estancia". 

Posteriormente, cuando el lugar comenzó a ser poblado se le agrego un nombre mas en honor al santo venerado por los habitantes, pasando a llamarse: "San José La Estancia". Con este nombre la comunidad fue conocida por muchos años , sin embargo en la actualidad conserva su nombre original: La Estancia.